理想的评估将在物种水平（检查道德和总物种）和生态系统水平（检查独特的栖息地）上研究保护的重要性。该分析仅考虑一个分类群（珊瑚鱼类）的总物种计数，而不是所有物种的总数。在选择保护优先级时，许多计划者还考虑了非生物学标准，例如识别基于经济和社会价值观保护的地点。

确定保护优先级的一个主要考虑因素是站点已经被公园和储备金保护的程度。不幸的是，用于此分析的数据和地图太粗糙了，无法详细检查受保护区域的间隙（现有的海洋保护区数据也不完整和/或没有充分的空间引用）。地图 - “……大多数礁石种类多样性的区域都没有受到保护”，从而了解了东南亚保护的某些可能差距。菲律宾和印度尼西亚的许多地区都有高物种多样性，受到高度威胁，并且没有受到保护。